陳廷敬的上疏，被朝廷采納瞭，並根據他所提內容，規定瞭若幹條文，下諭實行。
過瞭一段時間，雲南巡撫王繼文以軍餉為名，動支庫銀並私自A錢 。陳廷敬以其溺職不忠，前後銀數贏縮相懸，上疏彈劾。
康熙廿五年(1686年)，他任工部尚書。同學士徐乾學奏進《鑒古輯覽》，康熙認為這本輯覽有參閱價值，決定留下來通讀。他在工部尚書任內，還纂輯三朝《聖訓》、《政治典訓》、《方略》、《一統志》、《明史》等，陳廷敬並充總裁官。
康熙廿六年(1687年)調戶部，又調吏部。第二年，他的親戚因貪贓被劾罷，使他身受連累，對他打擊較大。之後，他借口父年八十一歲，盼望相守為由，要求解任回鄉。清廷答允陳廷敬的請求，免卻瞭他在朝中的職務，但繼續擔任修書總裁官。
康熙廿九年(1690年)，清廷又起用陳廷敬為左都禦史，直至文淵閣大學士兼吏部尚書。
康熙四十九年(1710年)，皇帝下詔，命令張玉書、陳廷敬領導編纂一部大型字典。第二年，張玉書病逝，陳廷敬獨任總裁官。這部大字典組織瞭三十多人的編輯班子，陳廷敬的兒子陳壯履也在其中。父子留名於一書，一時傳為美談。這部字典是在前人《字匯》和《正字通》的基礎上增補充實而成的，共收四萬七千多字，是我國古代歷史上收字最豐富的字典。後來定名為《康熙字典》。雖然字典問世時，陳廷敬已經去世，但他為編纂這部字典所付出的心血和作出的貢獻，為後人所敬仰。
陳廷敬一生著述很多，有《午亭文編》、《尊文閣集》、《河上集》、《杜律詩》、《老姥掌遊記》、《三禮指要》、《說巖詩集》等。他的詩Tone “清雅醇厚”，很得康熙皇帝的贊賞。
康熙五十一年(1712年)三月，陳廷敬病的很嚴重，康熙遣禦醫前往診視。很不幸，到瞭四月他就去世瞭，終年七十三歲，康熙率大臣侍衛奠灑，並令各部院滿、漢大臣前往吊祭。康熙皇帝親筆寫瞭挽詩，賜祭葬典禮，十分隆重。謚曰文貞。生前身後獲得皇帝如此敬重，幾近完人！